Forskningsprojekt

Vår grupp har en stark ställning inom forskningsfältet bakteriella regulatoriska RNA (styr-RNA). Under tidigare år studerade vi plasmid-relaterade funktioner (kopietalskontroll, stabil nedärvning) som kontrolleras av antisens-RNA. I många internationella samarbeten har vi genomfört detaljerade studier av dessa biologiska kontrollprocesser och deras verkningsmekanismer.

Senare projekt identifierade många nya så-kallade små-RNA (sRNA), en stor och viktig klass av styr-RNA som vi nu vet finns kodade i alla bakterie- och arké-kromosomer. De flesta av dem fungerar genom en antisens-mekanism som påminner om den som deras plasmid-kodade vänner använder – och även deras eukaryota kusiner (mikroRNA). Vi undersöker vilka roller sRNAn spelar i stressresponser och val av livsstil, samt vill lära oss om deras verkningsmekanismer ända till molekylär nivå. De flesta sRNA – men inte alla – binder till specifika budbärar-RNA (mRNA) så att ribosomer inte kan starta tillverkning av protein. Som vi kunde visa sker detta ibland med okonventionella mekanismer, som t.ex. inhibering av så-kallad "ribosome stand-by".

Ett nyare tema är stokastiska genregleringsprocesser som sRNA är inblandade i. Detta innebär ibland bi-stabila genuttrycksmönster som medför fenotypisk heterogenitet i bakteriepopulationer där alla celler har identisk genuppsättning.

Vi är också intresserade av de biologiska funktioner och molekylära mekanismer som rör ett bakteriellt nyckelprotein, Hfq. Detta protein är en medhjälpare för sRNA och behövs oftast för dess aktivitet och/eller stabilisering.

Vår forskargrupp arbetar i många olika discipliner och med olika metoder, såsom molekylär genetik, bakteriefysiolog, biokemi, molekylärbiologi och systembiologi.